Kontrola podnikateľa je štandardne iniciovaná z úradnej moci, a to prvým úkonom zo strany kontrolujúceho úradu. Týmto úkonom môže byť napríklad predloženie poverenia na kontrolu kontrolovanej osobe, doručenie oznámenia o začatí kontroly kontrolovanému podnikateľovi, či prvý z kontrolných úkonov, u ktorého je potrebné, aby nevyhnutne (bezprostredne) predchádzal predloženiu poverenia na kontrolu kontrolovanej osobe. Navyše ak kontrolovaný podnikateľ nie je pri kontrole prítomný, môže byť o začatí kontroly informovaný dokonca až dodatočne.
V súvislosti s výkonom kontroly je kontrolór oprávnený vstupovať do stavieb, dopravných prostriedkov, na pozemky a do ďalších priestorov s výnimkou obydlia podnikateľa. To však neplatí, ak sa obydlie používa na podnikanie alebo vykonávanie inej hospodárskej činnosti alebo v prípade, keď sa majú prostredníctvom kontroly odstrániť pochybnosti o tom, či sa obydlie používa na tieto účely a iným spôsobom to nie je možné zistiť.
Čo sa týka podnikateľov, ten je povinný vytvoriť kontrolórovi podmienky na výkon kontroly, umožniť mu výkon jeho oprávnení, poskytovať k tomu potrebnú súčinnosť a podať v určenej lehote písomnú správu o odstránení alebo prevenciu nedostatkov zistených kontrolou, ak o to kontrolór požiada. Kontrolovaný podnikateľ zo zákona veľa práv nemá. Môže požadovať od kontrolóra predloženie poverenia na kontrolu a ďalšieho dokumentu, ktorý dokladá, že sa jedná o osobu uvedenú v tomto poverení; namietať zaujatosť kontrolóra či nim prizvané osoby; oboznámiť sa s obsahom protokolu o kontrole a podávať námietky proti kontrolným zisteniam.
Zvlášť posledný bod je dôležitý, ak má kontrolovaný podnikateľ pocit, že kontrola neprebiehala správne, nesúhlasí s jej výsledkom atď. V takom prípade môže podať námietky proti kontrolnému zisteniu uvedenému v protokole o kontrole, a to kontrolnému orgánu v lehote 15 dní odo dňa doručenia protokolu o kontrole.
Námietky musia byť podané písomne, musí z nich byť zrejmé, proti akému kontrolnému zisteniu smerujú, a musia obsahovať odôvodnenie nesúhlasu s týmto kontrolným zistením.
